Şəki şəhəri — Orta Əsrlərdə mövcud olmuşdur. Şəkinin adı çəkilən ilk tarixi hadisə isə, 6-cı əsrə aiddir; IX əsr ərəb tarixçisi Əl-Bəlazuri VI əsrdə baş vermiş hadisələrdən bəhs edərkən, göstərir ki, İran şahı I Xosrov Ənuşirəvan öz hakimiyyəti dövründə (531-579) "Arran torpağında Şəkkən (Şəki), Kəmibəran qapılarını və dudaniyyə qapılarını saldırıb. Ziya Bünyadov isə bu hissəni Şəki şəhərini saldırıb kimi tərcümə etmişdir.
1823-cu ildə tərtib olunmuş xəritədə Şəki xanlığının paytaxtı Nuxa şəhəri ilə yanaşı, köhnə paytaxt əski Şəki şəhərinin yeri də göstərilir.
Əski Şəki şəhəri 1833-cü ilə aid digər bir mənbədə "əhəmiyyətsiz kənd" kimi təqdim edilir və orada bu kəndin daha əvvəl böyük şəhər olması, xanlığın paytaxtı olması qeyd olunur[1]. Amma nəzərə alınmalıdır ki, 1819-cu ildən başlayaraq, sabiq Şəki xanlığı ərazisində aparılmış siyahıyaalma sənədlərində cəmi 3-4 evdən ibarət olan kəndlər qeydə alındığı halda, "Şəki" adlı heç bir yer qeydə alınmamışdır. Bu səbəbdən güman etmək olar ki, göstərilən 1833-cü il mənbəsinin və 1823-cü il xəritəsinin müəllifləri Şəki kəndinin yerini göstərərkən, daha köhnə, 1819-cu ildən əvvəlki məlumatlara istinad etmişlər. Hal-hazırda əski Şəki şəhərinin yeri ilə bağlı tədqiqatçılar arasında fikir ayrılığı var, müxtəlif fikirlər irəli sürülür və mübahisələr həllini tapmamışdır. Arxeoloji qazıntılar nəticəsində də əski Şəki şəhərinin yeri ilə bağlı heç bir nəticə yoxdur. Mənbələrdə qeyd olunur ki Şəki xanı Hacı Çələbi xan xanlığın paytaxtını Nuxa şəhərinə köçürmüşdür[2].
1968-ci ildən isə Nuxa şəhəri rəsmən Şəki adlanmaqdadır.