Anapa ərazisində aralıq dənizi iqlimi hakimdir. Qara dənizin 44-cü paralelə qədər olan bütün bölgələri kimi, Anapanın iqlimi yayda rütubət çatışmazlığı ilə xarakterizə olunur.[1] Orta illik yağıntının az olması (450 mm) səbəbindən quru subarid xüsusiyyətləri özünü göstərir.[2] Ancaq yağıntılar il boyu demək olar ki bərabər paylaşılıb. Anapada maksimum yağıntı qışda düşür. Subtropiklərin şimal sərhədində yerləşdiyinə görə, təxminən on ildə bir dəfə Anapada şiddətli şaxtalar və qar yağışları baş verir.
İl əslində iki iqlim fəslinə (isti — apreldən oktyabra qədər) və sərin (noyabrdan mart ayına qədər) bölünür. Dəniz kənarında yerləşdiyinə görə burada payız həmişə yazdan daha quru və isti olur.
Anapa ildə aydın günəşli günlərin sayına görə Rusiyada rekord göstəriciyə malikdir. Aydın, günəşli havaların sayı burada 286-ya çatır. Günəşli saatların sayı 2494 saata çatır ki, bu da Soçi (2154 saat), Gelencik (2374) və digər şəhərlərdə olan göstəricidən yüksəkdir.
İki dənizin qovşağında, dağ sisteminin və geniş çöl bölgəsinin kənarında yerləşən şəhərin iqlimində küləyin təsir mexanizmi yüksəkdir. Qışda baş verən güclü küləklər səbəbi ilə Anapa şəhəri şiddət dərəcəsi IV olan Anapa külək bölgəsininin nüvəsi hesab olunur.[3] Qışda küləyin orta illik sürəti 5,9 m/s, dekabrda 7,1, yanvarda 7,7 m/s-ə çatır.
Anapanın iqlimi şimalda yerləşməsinə baxmayaraq nəzərəçarpacaq dərəcədə ondan cənubda yerləşən Burqasdan (+ 12,7 ° C) orta hesabla isti və mülayim (+ 13,7 ° C) olur. Buna səbəb Qara dənizin ən isti akvatoriyası məhs Anapanın yerləşdiyi cənub-şərq hissəsidir. Qış aylarında isti havalar cənubdan şimal-şərqə doğru hərəkət edir.
Qış ayları ümumiyyətlə mülayimdir, tez-tez temperaturun qalxması müşahidə olunur. + 15 ° C və yuxarıdır. Şəhərdə qar örtüyünün formalaşması ilə güclü qar yağması orta hesabla on ildə bir dəfə baş verir. Kiçik şaxtalar bir qayda olaraq yalnız gecə, ildə 14–16 gün müşahidə olunur. 1940-cı ilin yanvarında şəhər bütün meteoroloji müşahidələr tarixində qış temperaturunun rekordunu (-26,0 ° C) qeyd etdi. 23 yanvar 2006-cı ildə şəhərdə havanın temperaturu −23,9 ° C-ə düşüb.[4]