Mikrofauna (yun. mikros-kiçik, xırda və Fauna-Roma əfsanələrində çöl, meşə və sürülərin ilahəsi)-bütün xırda,adətən mikroskopik heyvanların (əsasən ibtidailər və və bəzi onurğasızlar) vəhdətinə deyilir. Mikrofauna termin kimi hər hansı bir təbii orqanizmlər qrupuna uyğun gəlmir.[1]