Mikrofotoqrafiya- bir obyektin mikroskopa bənzər bir alət altında çəkilmiş şəkili və ya rəqəmsal şəklidir. Mikrofotoqrafiya mikroskopiyanın bütün hissələrində geniş bir istifadə sahəsinə malikdir.
İşıq mikrofotoqrafiya və ya mikrofotoqrafiya işıq mikroskopu istifadə edilərək hazırlanmış bir fotoşəkildir, mikrofotonun əldə ediliş müddətini əhatə edən əməliyyatlar fotomikroskopiya olaraq bilinir. Ən sadə halıyla fotomikroskopiya bir mikroskopa kamera yerləşdirilərək asanca edilə bilən bir əməliyyatdır; beləcə adam yüksək nisbətdə böyüdülmüş fotoşəkil çəkmə imkanına sahib olur.
Roman Vişniak mikrofotoqrafiya sahəsinin qabaqcıllarındandır; hərəkətli canlıların foto şəkillərinin çəkilməsində mütəxəssis olan Roman Vişniak işıqsız fotoqrafiya və rəngli mikrofotoqrafiya sahələrinə inqilab xüsusiyyətində töhfələr vermişdir.
Elektron mikrofotoqrafiya elektron mikroskopu istifadə edilərək hazırlanmış bir fotoşəkildir. Ancaq elektron mikrofotoqrafiya termini elektron mikroskopiyada istifadə edilmir. Məşhur adı mikrofotoqrafiya şəklindədir.
Rəqəmsal mikrofotoqrafiya birbaşa bir mikroskop vasitəsilə ya da bir fotomikroqraf ilə əldə edilən rəqəmsal fotoqrafiya növüdür. Terminlərin istifadəsi bir qədər heyrətləndirici ola bilər, gündəlik istifadədə "fotoşəkil" sözü "rəqəmsal foto" sözü ilə az qala eyni yeri tutmaqdadır. İndiki dövrdə rəqəmsal mikrofotoqrafiyanı İPodlar vasitəsilə həyata keçirmək mümkündür.[1]
Mikrofotoqrafiyada ümumiyyətlə ya mikron çubuqları, ya da yaxınlaşdırma nisbəti və yaxud hər ikisi istifadə edilir.
Yaxınlaşdırma nisbəti- bir obyektin gerçəyi ilə şəkil halı arasındakı nisbətdir, şəklin çəkilməsindən sonrakı ölçüsünə bağlı olduğu üçün bir az yanlış ola bilər. Nümunə vermək lazım olsa; kiçik bir kağıza çap şəklin yaxınlaşdırma dərəcəsi ilə, böyük bir kağıza çap şəklin yaxınlaşdırma dərəcəsi arasında fərqin olduğunu görərik. Jurnal redaktorları şəkilləri səhifəyə uyğun yenidən ölçüləndirir, bu da böyütmə nisbətinin etibarlılığını itirməsinə səbəb olur. Miqyas Çubuğu (və ya Mikron Çubuğu)- şəklin üzərinə yerləşdirilmiş, uzunluğu üzərinə yazılan bir çubuqdur. Şəklin üzərində doğru ölçmələr edə bilmək üçün istifadə edilir. Şəkil yenidən ölçüləndirildikdə mikron çubuq da yenidən ölçüləndiyindən şəkildə mikron çubuqdan istifadə edərək doğru yaxınlaşdırma nisbəti asanca hesablana bilər. Əslində nəşr olunan / göstərilən bütün şəkillərin miqyas çubuğu ilə saxlanması idealdır, böyütmə nisbəti istəyə bağlı olaraq müəyyən edilə bilər.