Su hövzələrinin sanitariya mühafizəsi – içməli su mənbələrinin çirklənmədən qoruyan qanunverici, təşkilatı və sanitar-texniki tədbirlər sistemi. Su hövzələrinin sanitariya mühafizəsi barədə ilk dövlət qanunu 19-cu əsrin 70-ci illərində B.Britaniyada, 90-cı illərdə isə Fransada həyata keçirilmişdir. SHSM-də ciddi rejimli və məhdudlaşdırılmış sanitariya mühafizəsi zonası müəyyənləşdirilmişdir. Birinci zonaya su götürülən yer və su kəmərinin baş qurğuları aiddir; bura hasara alınır, sahəsi yaşıllaşdırılır, qorunur və tikinti işləri qadağan edilir. İkinci zonaya su təchizatı mənbəyinə təsir göstərə bilən sahə aiddir. Çayın sahili 150-200 m enində yaşıllaşdırılır və sanitariya rejimi gözlənilir. Su hövzələrinin sanitariya mühafizəsində sanitariya-epidemioloji stansiyalar nəzarət edir.[1]
Parçalanan ölü maddələrlə çirklənməsi. Su hövzəsinin özü-özünə çirklənməsi yosunların kütləvi parçalanması (əsasən göy-yaşıl yosunların) nəticəsində baş verir. Su mühiti bu zaman nəinki ölü üzvi maddələrlə zənginləşir, həm də mürəkkəb molekulyar strukturlu zəhərli maddələrin ayrılması nəticəsində zəhərlənir, heyvan və insanlar üçün təhlükəli olur. Zəhərli yosunlarla zəhərlənmiş balıqları insan qəbul etdikdə zəhərlənə bilər.
Su hövzəsinin üzvi və qismən qeyri üzvi maddələri zərərsiz birləşmələrə çevirməsi qabiliyyəti. Su hövzələrinin özü-özünü təmizlənməsi fiziki (suspenziya hissəcikərinin çökməsi, buxarlanma); kimyəvi (maddələrin oksigen və hidrogen peroksidlə oksidləşməsi, suda həll olması, hidrantlara çevrilməsi: kolqulyasiya və çökmə; toksikantların hidrolizi); bioloji (çirklənmiş maddələrin mübadilə prosesinə girməsi, onların parçalanması və ya zəhərsiz formalara keçməsi). Su hövzələrinin özü-özünü təmizlənməsidə bütün hidrobiontlar iştirak edir, əsas rolu isə bakteriyalar, göbələklər, ibtidailər və çoxhüceyrəli heyvanlar-süzdü- rücülər oynayır.