Estoniya faunası – Estoniya qarışıq iynəyarpaqlı meşə ərazisində və Baltik dənizi sahilində yerləşən kiçik bir ölkədir. Meşə sahələri Estoniya ərazisinin 52 faizini əhatə edir. Meşələrin əksəriyyəti ölkənin şərq hissəsində - mərkəzi və cənub Estoniyada yerləşir. Bu meşələrin əsas hissəsini qarışıq və qarışıq geniş yarpaqlı ağaclar təşkil edir. Şam ağacları cənub-şərq hissədə, çəmən bitkiləri isə şimal-qərb və şimal hissələrdə geniş yayılmışdır.[1] Qərb hissəsini qeyri adi landşaft tutur, hansı ki çəmənliklə meşə bitki örtüyü sahələrini birləşdirir. Estoniyanın seyrək əhalisi var və böyük əraziləri müxtəlif heyvan növləri ilə zəngin meşələr əhatə edir. Hazırda Estoniya meşələrində yaşayan məməlilərin 65 növü mövcuddur. Bura, adi vaşaq, çöldonuzu, qonur ayı, sığın kimi vəhşi heyvanların məskunlaşdığı ərazilərdir.[2] Estoniya nadir dəniz quşları olan kiçik qaqa (Polysticta stelleri), ağqaş qaz(Anser erythropus), böyük oxcüllüt(Limosa limosa), bataqlıq quşları ortaboy tənbəlcüllüt (Gallinago media), quru çöl quşları adi çivdimdik (Crex crex), dra-dra göycəqarğa (Coracias garrulus) və iri yırtıcı quş olan böyük xallı qartal (Aquila clanga) ilə xarakterizə olunur. Estoniyanın şimal sahillərində ən böyük Lahemaa Milli Parkı da daxil olmaqla beş milli parkı vardır. Soomaa Milli Parkı Pyarnu və Vilyandi arasında yerləşir və bataqlıqları ilə tanınır.[3]
Estoniyanın şimal şərqində İda-Virumaa və Lyaene-Virumaa əyalətlərində ayılar geniş yayılmışdır.[4] Sovet işğalı dövründə bu heyvanlar əziyyət çəkmişlər. Qorunma verildikdən sonra, heyvanların sayı artdı və 1990-cı illərin əvvəllərində zirvəyə çatdı, lakin artan ov təzyiqinə görə bir qədər azalma müşahidə olunur. 2008-ci ildə Estoniyada təxminən 620 qəhvəyi ayı, 760 vaşaq və 135 canavar var idi. 2010-cu ilin əvvəlində böyük dırnaqlılara 48,040 Avropa cüyürü( 2009-cu ildə 63,000), 11,741 Avropa Sığını, 2,831 nəcib maral, 22,642 çöldonuzu daxil idi.[5]
Estoniyada 47 növ qarışqa və 300 növ karabidlərə rast gəlmək olar.[6]