UniProt

UniProt (ing. Universal Protein Resource) — zülal ardıcıllığı və funksional məlumatların sərbəst əldə edilə bilən verilənlər bazasıdır, bir çox giriş genom ardıcıllığı layihələrindən əldə edilir. Tədqiqatlardan əldə edilən zülalların bioloji funksiyası haqqında çoxlu məlumat ehtiva edir. O, bir neçə Avropa bioinformatika təşkilatından və Vaşinqtondan olan bir fonddan ibarət UniProt konsorsiumu tərəfindən idarə olunur.

UniProt
Biblioqrafik məlumat bazası
Sayt uniprot.org
uniprot.org

UniProt bioloji elmlər sahəsində zülallar haqqında məlumatları təmin edən dünyanın ən böyük və əhəmiyyətli verilənlər bazalarından biridir. UniProt müxtəlif növlərdən olan zülalları və onların funksiyalarını tədqiq etmək üçün ətraflı məlumatlar təqdim edir. [1]Bu resurs, tədqiqatçılara, biologiya və biotexnologiya sahəsində çalışan mütəxəssislərə zülal sıraları (ing. protein sequences), strukturları, funksiyaları və digər əlaqəli məlumatları əldə etməyə imkan verir.[2]

Xüsusiyyətləri

[redaktə | mənbəni redaktə et]
  1. Zülal ardıcıllıqları (ing. protein sequences) — zülalların amin turşusu ardıcıllıqlarını əhatə edən geniş verilənlər bazasıdır. Bu ardıcıllıqlar zülalların funksiyalarını, strukturlarını və onların bioloji proseslərdə oynadığı rolu anlamaq üçün vacibdir.
  2. Zülal funksiyaları — verilənlər bazasında zülalların bioloji funksiyaları, onların hansı orqanizmlərdə tapıldığı və hansı molekulyar proseslərdə iştirak etdiyi ilə bağlı məlumatlar təqdim olunur.[3][4]
  3. Məlumatların annotasiyası — UniProt-da zülallar haqqında məlumatlar həm avtomatlaşdırılmış (kompüterlə təhlil olunan), həm də insan tərəfindən annotasiya edilmişdir. Bu, verilənlər bazasındakı məlumatların daha dəqiq və etibarlı olmasını təmin edir.
  4. Zülalların təsnifatı**: zülallar müxtəlif funksiyalarına və strukturlarına görə təsnif olunur, bu da tədqiqatçıların xüsusi bir zülal haqqında daha ətraflı məlumat almasını asanlaşdırır.
  5. İnteraktiv interfeys və API — UniProt veb-interfeysi vasitəsilə istifadəçilərə zülalların məlumatlarını asanlıqla axtarmaq, əldə etmək və analiz etmək imkanı verir. O, həmçinin məlumatların böyük miqyasda təhlili üçün API təmin edir.[5]

Komponentləri

[redaktə | mənbəni redaktə et]
  • UniProtKB (ing. UniProt Knowledgebase) — zülalların əsas məlumat bazasıdır. Burada zülallar haqqında ətraflı məlumatlar saxlanılır.
  • Swiss-Prot — zülalların yüksək keyfiyyətli, insan tərəfindən annotasiya edilmiş hissəsidir.
  • TrEMBL — avtomatik annotasiya edilmiş zülal ardıcıllıqlarını ehtiva edir.
  • UniRef (UniProt Reference Clusters) — ardıcıllıqların təkrarını aradan qaldıran zülal ardıcıllığı klasterləridir. Bu, məlumatın sadələşdirilməsi və sorğuların daha səmərəli aparılması üçün istifadə olunur.
  • UniParc (UniProt Archive) — zülal ardıcıllıqlarının arxividir və bütün zülal ardıcıllıqlarının vahid bir yerdə saxlanılmasını təmin edir.[6][7]

İstifadə sahələri

[redaktə | mənbəni redaktə et]
  • Tədqiqat və təhlil — molekulyar biologiya, biokimya, bioinformatika sahələrində zülal tədqiqatları aparan alimlər və mütəxəssislər üçün vacib bir mənbədir.[8]
  • Dərman kəşfi — zülalların funksiyaları və strukturları ilə bağlı məlumatlar dərman kəşfi və biotexnologiya sahəsində istifadə olunur.[9]
  • Genom təhlili — genom məlumatlarının təhlili zamanı zülal ardıcıllıqları və funksiyalarının müəyyənləşdirilməsində UniProt faydalıdır.

UniProt tədqiqatçıların zülal funksiyalarını və strukturlarını dərindən anlamaq və yeni bioloji kəşflər etmək üçün geniş istifadə etdiyi qlobal məlumat platformasıdır.[10]

İstinadlar

[redaktə | mənbəni redaktə et]
  1. ↑ "2002 Release: NHGRI Funds Global Protein Database". National Human Genome Research Institute (NHGRI). 24 September 2015 tarixində orijinalından arxivləşdirilib. İstifadə tarixi: 14 April 2018.
  2. ↑ UniProt, Consortium. "UniProt: a hub for protein information". Nucleic Acids Research. 43 (Database issue). January 2015: D204–12. doi:10.1093/nar/gku989. PMC 4384041. PMID 25348405.
  3. ↑ O'Donovan, C.; Martin, M. J.; Gattiker, A.; Gasteiger, E.; Bairoch, A.; Apweiler, R. "High-quality protein knowledge resource: SWISS-PROT and TrEMBL". Briefings in Bioinformatics. 3 (3). 2002: 275–284. doi:10.1093/bib/3.3.275. PMID 12230036. 2024-01-24 tarixində arxivləşdirilib. İstifadə tarixi: 2024-10-21.
  4. ↑ Wu, C. H.; Yeh, L. S.; Huang, H.; Arminski, L.; Castro-Alvear, J.; Chen, Y.; Hu, Z.; Kourtesis, P.; Ledley, R. S.; Suzek, B. E.; Vinayaka, C. R.; Zhang, J.; Barker, W. C. "The Protein Information Resource". Nucleic Acids Research. 31 (1). 2003: 345–347. doi:10.1093/nar/gkg040. PMC 165487. PMID 12520019.
  5. ↑ Boeckmann, B.; Bairoch, A.; Apweiler, R.; Blatter, M. C.; Estreicher, A.; Gasteiger, E.; Martin, M. J.; Michoud, K.; O'Donovan, C.; Phan, I.; Pilbout, S.; Schneider, M. "The SWISS-PROT protein knowledgebase and its supplement TrEMBL in 2003". Nucleic Acids Research. 31 (1). 2003: 365–370. doi:10.1093/nar/gkg095. PMC 165542. PMID 12520024.
  6. ↑ Bairoch, A.; Apweiler, R. "The SWISS-PROT protein sequence data bank and its new supplement TREMBL". Nucleic Acids Research. 24 (1). 1996: 21–25. doi:10.1093/nar/24.1.21. PMC 145613. PMID 8594581.
  7. ↑ Séverine Altairac, "Naissance d’une banque de données: Interview du prof. Amos Bairoch Arxiv surəti 12 iyul 2010 tarixindən Wayback Machine saytında". Protéines à la Une Arxiv surəti 21 iyun 2011 tarixindən Wayback Machine saytında, August 2006. ISSN 1660-9824.
  8. ↑ Bairoch, A. "Serendipity in bioinformatics, the tribulations of a Swiss bioinformatician through exciting times!". Bioinformatics. 16 (1). 2000: 48–64. doi:10.1093/bioinformatics/16.1.48. PMID 10812477. 2024-02-05 tarixində arxivləşdirilib. İstifadə tarixi: 2024-10-21.
  9. ↑ "UniProtKB/Swiss-Prot Release 2023_01 statistics". web.expasy.org. 4 April 2023 tarixində arxivləşdirilib. İstifadə tarixi: 31 March 2023.
  10. ↑ Uniprot, C. "The Universal Protein Resource (UniProt) in 2010". Nucleic Acids Research. 38 (Database issue). 2009: D142–D148. doi:10.1093/nar/gkp846. PMC 2808944. PMID 19843607.

Xarici keçidlər

[redaktə | mənbəni redaktə et]
Vikiverilənlərdə aşağıdakı parametr mövcuddur: