Xəlifət əl-xüləfa ("xəlifələr xəlifəsi") — Səfəvi-Ərdəbil təriqətinin geniş yayılmış nümayəndələr şəbəkəsinin başçısı idi (xüləfa — ərəbcə "xəlifə" sözünün cəm halıdır). Əslində o, Səfəvi təriqətinin bütün fəaliyyətini istiqamətləndirir və ona nəzarət edirdi. Öz nümayəndələrinin yaxşı təşkil edilmiş xidməti sayəsində Səfəvilər Azərbaycanı, indiki Ermənistan ərazisini, Kiçik Asiya və İranın şimal vilayətlərini əhatə edən geniş ərazilərə səpələnmiş qızılbaş tayfalarını öz tərəflərinə çəkib şiəlik bayrağı altına toplaya bildilər. Beləliklə, xəlifət əl-xüləfa idarəsi ŞeyxSəfiəddin tərəfindən əsası qoyulmuş "Səfəviyyə" təriqətinin teokratik təşkilatının qalığı idi.
V. F. Minorskinin göstərdiyi kimi, hakimiyyətə gələn Səfəvilər ikili idarəçiliklə qarşılaşdılar, onlara başçılıq etdilər. Onlar "krallar kimi öz sələflərinin (əsasən, Ağqoyunluların) idarəetmə sistemini irsən qəbul etdilər. Onlar ilkin təriqətin ali başçıları kimi öz sufilərindən kor-koranə itaət tələb etdilər". Böhranlar dövründə onlar öz tərəfdarlarının "şahsevənlik" hisslərinə müraciət edirdilər, çox zaman tayfalararası didişmələri təriqət ardıcılları arasında hökm sürən, müridləri öz "mürşidi kamilinə" (yəni şaha) danışıqsız itaətə çağıran ən sərt intizam sayəsində yoluna qoyurdular.
"Xəlifələrlə" yanaşı "ithaf olunanlar"ın "pirə" ("böyüklər, ağsaqqallar") adlanan daha bir kateqoriyası da var idi. V. F. Minorskinin fikrincə, "xüləfa" "xəlifət əl-xüləfanın" qısaldılmış formasıdır. Təriqətin işlərini idarə edən və onun tələblərində bacarıqlı sərkərdə kimi xidməti olan İsmayılın ən yaxın silahdaşlarından biri mənbəklərdən göründüyü kimi Xədim bəy Xüləfa, yaxud adı tez-tez qısaca çəkilən Xüləfa bəy olmuşdur.
"Xəlifət əl-xüləfa" qızılbaş tayfalarının imtiyazlı zümrəsi içərisindən təyin edilir və bir qayda olaraq, türk (azərbaycanlı) olurdu. Səfəvi sülaləsinin şahları onların köməyi ilə yalnız özlərinin arxalandıqları, onları hakimiyyət başına gətirmiş qüvvələrə deyil, həm də öz ardıcıllarının geniş şəbəkəsinə nəzarət edirdilər. Xəlifət əl-xüləfalar böyük hakimiyyətə malik olub "mürşid-i kamilin" (yəni şahın) təriqət işləri üzrə müavinləri sayılırdılar. Məsələn, I Şah Təhmasib dövründə xəlifət əl-xüləfa vəzifəsini tutan Hüseynqulu Xüləfa Rumlunun adı çəkilir. O, "təbil və bayraq sahibi" olmasa da, böyük nüfuz və təsir sahibi idi. Diyarbəkirdən və Kiçik Asiyanın digər vilayətlərindən "şah astanasına" gələn çoxsaylı sufilər tamamilə ona tabe idilər96. İskəndər bəy Münşi I Təhmasibin müasirləri olan əmirlərin siyahısında adi "xəlifə"lərin siyahısında 3 şamlı, 1 türkman, 4 zülqədər, 3 qacar, 1 kürd, 1 cağatay tayfa əmirlərinin adlarını çəkir.
Sufi təşkilatı o dərəcədə yaşamağa qabil idi ki, hətta I Abbasın ölümündən sonra da şahın öz ardıcıllarının "mürşid-i kamili" olması ideyası onun nazirləri tərəfindən tanınmışdı. Lakin sonralar xəlifət əlxüləfa vəzifəsi siyasi hakimiyyətdən uzaqlaşdırıldı və sadəcə olaraq "sufilərin işlərinə dair katibliyə" çevrildi. Məsələn, "Təzkirət əlmülük" də göstərilir ki, şahın adından fəaliyyət göstərən xəlifət əl-xüləfa bütün vilayətlərə (məmalik) öz nümayəndələrini (xəlifə) təyin edir.