Yaponiya prefekturaları — Yaponiyanın 47 ən yüksəksəviyyəli inzibati vahididir. Onlar todofuken (都道府県?) sistemində birləşiblər. Bu sistemə görə ölkə to (都?) 1 metropoliten prefektura — Tokio, 1 qubernatorluq do: (道?) — Hokkaydo, 2 şəhər prefekturası fu (府?) — Kyoto və Osaka — və 43 ken (県?) prefekturasından ibarətdir. Rahatlıq üçün Qərbdə yaponşünaslıqda yuxarıda qeyd olunan vahidləri "prefekturalar" adlandırmaq adətdir.
Hər bir prefektura bir prefekt tərəfindən idarə olunur (Hokkaydoda qubernator) və öz qanunvericilik, inzibati aparata malikdir. Prefekturalar çox vaxt inzibati vahid olmayan bölgələrə qruplaşdırılır.
Müasir inzibati bölgü sistemi 1871-ci ildə Meyci dövründə tətbiq olunmuşdur. Bunun nəticəsində xan feodları ləğv edildi və prefekturalar yaradıldı. Bu hadisə " xanların ləğvi və prefekturaların yaradılması " — xayxan tiken (廃藩置県?) adlanır. Əvvəlcə prefekturaların sayı xanların sayına uyğun gəlirdi — 300 vahiddən çox. Zaman keçdikcə onların sayı 72-yə, 1888-ci ildə isə 47-yə endirildi. Yerli Muxtariyyət Qanunu prefekturalara daha çox səlahiyyət verdi. Nəhayət, Yaponiyada urbanizasiyanın sürətli inkişafını nəzərə alaraq, Yaponiya hökuməti prefekturaları 10 böyük inzibati bölgüyə çevirmək layihəsini nəzərdən keçirir.
Prefektura və qraflıqlarla yanaşı, ölkədə geniş muxtariyyətə malik olan bələdiyyə səviyyəsində inzibati vahidlər var. Bunlar prefekturaların mərkəzi şəhərləri, xüsusi şəhərlər, müvafiq şəhərlər, Tokionun 23 xüsusi rayonu, həmçinin qəsəbə və kəndlərdir.