Bioindikasiya — biotanın bu və ya digər yaşayanlarının təbii proseslərə aktiv surətdə (eksperimental) təsir etməyərək onlara müşahidə edilməklə mühitin vəziyyətinin keyfiyyətinin qiymətləndirilməsindən ibarətdir.
Buraya bioindikatorlar kimi müxtəlif səviyyədə təşkil olunmuş biosistemləri misal göstərmək olar. Mühitin keyfiyyətinin qiymətləndirilməsi bioindikator əlamətlərinə görə yerinə yetirilir. Bu müşahidə edilən biosistemlərin elə xarakteristikaları üzrə aparılır ki, onlar daha tam və dəqiq surətdə onların salamatlığını əks etdirsin. Monitorinq tədqiqatlarının əsasını eksperiment deyil, müşahidə təşkil etdiyindən, bioloji monitorinqin əsas metodologiyasını bioindikasiya təşkil edir. Buna baxmayaraq, həmçinin çöl və laboratoriya şəraitində biotestdən keçirilmənin bəzi metodlarından da, mühitin keyfiyyətinin qiymətləndirilməsi və onun antropogen dəyişikliklərin aşkar edilməsindən ötrü istifadə edilir.
Effektiv toplayıcı bioindikator nümunələri kimi su xərçəngəbənzər xitin zirehləri və həşaratların sürfələri, molyusklar və onların çanaqları (sonuncular uzun müddət qala bilirlər və molyuskların məhvindən sonra belə indikasiya kimi istifadə edilə bilər), mamır, bəzi quş və məməli heyvanların orqanlarını (beyin, böyrəklər, dalaq, qara ciyər və s.) göstərmək olar.[1]
Belə ki, qeydedici və toplanan və ya akkumulyasiya bioindikatorları fərqləndirilir. Yuxarıda nəzərdən keçirilən qeydedici bioindikasiya göstəriciləri biotaya mühit amillərinin ümumi təsir səviyyəsi barəsində mühakimə yürütməyə imkan verir. Akkumulyasiya üzrə bioindikasiya amillərin (kimyəvi) özlərini keyfiyyətcə qiymətləndirməyə imkan verir, bunun üçün orqanizmlərin toxumlarında, müəyyən orqanlarda və bədənin hissələrində çirkləndirici maddələrin toplanması xüsusiyyətindən istifadə edilir. Bir sıra polyutantların orqanizmdən yavaşca çıxarılan konsentrasiyası (məsələn, metallar, bəzi xlor üzvi birləşmələr və s.) ətraf mühitdəkindən bir neçə tərtib yüksək ola bilər.