Соколов Б. С. Стратиграфия фанерозоя Сибири // Геология и геофизика. 1986. N 1. С.15-25 (в соавт.).
Соколов Б. С. От биосферы прошлого к её будущему // Проблемы доантропогенной эволюции биосферы. М., 1993. С.4-9.
Соколов Б. С. Очерки становления венда. М.: KMK Sci. Press Ltd., 1997. — 156 с. — ISBN 5-87317-032-0.
Соколов Б. С. Среди наук о Земле и жизни: Избр. ст. Новосибирск: Изд-во СО РАН, фил. Гео, 2004. — 449 с. — ISBN 5-7692-0712-4.
Соколов, Б. С. Очерки о науке и ученых. М.: Наука ; Новосибирск: Гео, 2006. — 312 с. — ISBN 5-9747-00006-6.
Соколов Б. С., Ивановский А. Б. Вендская система. Историко-геологическое и палеонтологическое обоснование. Т. 1: Палеонтология. М.: Наука, 1985. 222 с.
Соколов Б. С., Федонкин М. А. Вендская система. Историко-геологическое и палеонтологическое обоснование. Т. 2: Стратиграфия и геологические процессы. М.: Наука, 1985. 238 с.
Соколов Б. С. Новые сирингопориды Таймыра // Бюл. МОИП. Отд. геологии, 1947. Т. XXII (6). С. 19-28.
Соколов Б. С. Tabulata и Heliolitida // Атлас руководящих форм ископаемых фаун СССР. Силурийская система. М.: Изд-во геол. лит-ры, 1949. Т.2. С. 75-102.
Соколов Б. С. Систематика и история развития палеозойских кораллов Anthozoa Tabulata //Вопросы палеонтологии. Т. 1. Л.: Изд-во ЛГУ, 1950.
Соколов Б. С. Табуляты палеозоя Европейской части СССР. Ч. I. Ордовик Западного Урала и Прибалтики. Л.-М.: Гостоптехиздат, 1951. 170 с. (Тр. ВНИГРИ; Вып. 48).
Соколов Б. С. Табуляты палеозоя европейской части СССР. Ч. IV. Девон Русской платформы и Западного Урала. Л.-М.: Гостоптехиздат, 1952. 208 с. (Тр. ВНИГРИ; Вып. 62).
Соколов Б. С. Табуляты палеозоя Европейской части СССР. Введение. Л.-М.: Гостоптехиздат, 1955. 527 с.
Соколов Б. С. Подкласс Tabulata. Табуляты // Основы палеонтологии: губки археоциаты, кишечнополостные, черви. М.: Изд-во АН СССР, 1962. С. 192—265.
Соколов Б. С. События в биосфере // Важнейшие биотические события в истории Земли / Труды XXXII Сессии ВПО. Таллин, 1991. С. 7-19.
Соколов Б. С., Тесаков Ю. И. Табуляты палеозоя Сибири. М.-Л.: Изд-во АН СССР, 1963. 188 с.
Соколов Б. С. Метазоа докембрия и вендо-кембрийский рубеж // Палеонтол. журн. 1976. № 1. с. 3-18.
Соколов Б. С. О возрасте древнейшего осадочного покрова Русской платформы// Изв. АН СССР. Сер. геол. 1952. № 5. с. 21-31.
Соколов Б. С. Вендский этап в истории Земли// ХХIV сессия МГК. Доклады советских геологов. 1972. с. 114—124.
Соколов Б. С. Докембрийская биосфера в свете палеонтологических данных// Вестник АН СССР. 1972. № 8. с. 48-54.
Соколов Б. С. Ихнология древнейших Metazoa: некоторые проблемы и перспективы // Геология и геофизика. 1974. № 5. с. 37-47.
Соколов Б. С. Вендский комплекс (венд) и проблема границы докембрия и палеозойской группы // Геология докембрия. М.: Наука, 1964. С. 135—150.
Соколов Б. С. Венд Русской платформы: его границы, расчленение, стратиграфия. М.: Наука, 1974. С. 3-10.
Соколов Б. С. О палеонтологических находках в доусольских отложениях Иркутского амфитеатра // Аналоги вендского комплекса в Сибири. Новосибирск: Наука, 1975. С. 112—118.
Соколов Б. С. Очерки становления венда. М.: Наука, 1998. 153 с.
Соколов Б.С. Записки с берегов Имоложья. — Вышний Волочёк: Ирида-прос, 2007. — ISBN 978-5-93488-044-7.
Соколов Б.С. Далеко от войны // Геологи Академии наук СССР в годы Великой Отечественной войны на трудовом фронте : Очерки по истории геологических знаний. — Москва: Наука, 1991. — Вып. 27. — С. 72—89.
Соколов Борис Сергеевич // Российская академия наук. Сибирское отделение: персональный состав / сост. Е. Г. Водичев и др. — Новосибирск: Наука, 2007. — С. 242—243.