“Şərəf nişanı”ordeni (1986), Azərbaycan SSRİ Ali Soveti Rəyasət Heyətinin “Fəxri fərmanı” (1987) AMEA-nın “Fəxri Fərmanı” (1997) AMEA-nın “Fəxri Fərmanı” (2006)
Məhərrəm Babayev 1966-1971-ci illərdə institutda elmi işçi, 1971-1975-ci illərdə baş elmi işçi olaraq çalışmışdır. Akademik 1975-1981-ci illərdə laboratoriya rəhbəri, eyni zamanda 1981-1985-ci illərdə Meyvə-Tərəvəz Təsərrüfatı Nazirliyi Elmi Tədqiqat Tərəvəzçilik İnstitutunda direktor vəzifəsini icra etmişdir. O, 1986-1989-cu illərdə Aqrar Sənaye Komitəsinin sədr müavini vəzifələrində çalışmışdır.[2]
Azərbaycan torpaqlarının genezisi, təkamülü, morfogenetik diaqnostikası, nomenklaturası və təsnifatı, xəritələşdirilməsi, torpaqların torpaq-coğrafi məlumat bazasının hazırlanması.[1][2]
Роль термоустойчивых микроорганизмов в самоочищении и рекультивации нефтезагрязненных почв сухих субтропиков Азербайджана - Матер. науч. межд. конф.,- Владимир,-Россия, 2004,.С. 244-245
Management of the processes of degraded soils rehabilitation in Azerbaijan by traditional methods. Elista, Republic of Kalmyk (Russian Federation), 2004 ,.Р. 7-8
Management of degraded soil rehabilitation processes in Azerbaijan traditional methods - UNESCO-MAB Dry lands series -France, Paris, No 4, 2005, p. 45-52
Современная классификация почв Азербайджана // Почвоведение, Москва, №11, 2006,.С. 1307-1314
About the stability of soils to oil contamination along North Export Pipeline- 18th World Congress of soil science, Philadelphia, Pennsylvania, USA, 2006, Р/1-2
Biological methods of fertility reproduction of antropogen degraded irrigated soils in Azerbaijan dry subtropics Euro Soil 2008, (Vienna, Austria) p 106-107
Новая классификация антропогенных почв Азербайджана, 2010 г., г. Томск, Россия, Т.1, стр. 11-13, ISBN 5-91302-090-X
Developed characters of degradation of the irrigative soils in arid and subtropics zone of Azerbaijan Samsun-Turkey, May 26-28, 2010, p. 881-886, ISBN 978-975-7636-69-4
The methods of fertility reproduction of soils and the growth of high-quality fodder in Azerbaijan, Lozenge, Bulgaria, 2011, p. 12-17, ISSN 1313-7735
Исследование зависимости плодородия хлопчатника от концентрации солей в лугово- сероземных орошаемых почвах (Irragri Gleyic Calsisols) на Муганской равнине Азербайджанской Республики. Съезд Общ.,Поч-ов., Науч. Конф., Кн. 1, Петрозаводск, Москва, «Карельский научный центр РАН», 2012, с. 445
Biological indices–an obligatory component in the creation of the informational soil-geographical database4thInternational Congress Eurosoil, Bari-Italy, 2012, p.2234
The Institute of Soil Science and Agrochemistry of Azerbaijan National Academy of Sciences in independence years (1991-2011) Eurasian Soil Wokrshop, Samsun 2013, Turkey, p. 46-47
National Reference Base of Anthropogenic Soil Resources in the Azerbaijan RepublicBishkek, Kyrgyzstan, 2013, Volume 2, Number 2 (1), Special Issue for Agricasia “1st Central Asia Congress on Modern Agricultural Techiques and Plant Nutrition “, p. 885-890
Орошаемые почвы Кура-Араксинской низменности и их производительная способность Баку: Элм, АН Аз. ССР, 1983 г., 175 стр.
Почвенная карта Азербайджана БККИ СССРИ НС, Москва, 1991 г., 1 стр.
Azərbaycanın torpaq xəritəsi BKKİ SSRİ NC, Moskva, 1991., 1 səh.
Tərəvəzçinin məlumat kitabı, Azərnəşr, II nəşr, 1992, 228 s.
Azərbaycanın torpaq təsnifatının WRB sistemi ilə korrelyasiyası, Bakı: Elm, 2002, 250 s.
Cənab Heydər Əliyəvin torpaqşünaslığın inkişafında rolu Bakı, 2003, 12 s.
Azərbaycan torpaqlarının morfo-genetik profili (az və rus. dil) Bakı:Elm, 2004, 202 s.
Şəkər çuğundurunun becərilmə texnologiyasının torpaq ekoloji və qidalanma şəraiti. Bakı, Elm, 2005, 79 s.
Ekoetika haqqında Azərbaycanda ilk dəyərli monoqrafiya. Bakı, 2005, 176 s.
Müxtəlif torpaq ekoloji şəraitdə tərəvəz bitkilərindən yüksək məhsul almağın idarə olunması. Bakı, Elm, 2007, 240 s.
Azərbaycanda torpaq ekspedisiyası və mühafizəsi. Bakı, 2010, 216 s.
Suvarılan torpaqların bərpası və qorunub saxlanılması. Bakı, 2010, 220 s.
Azərbaycan torpaqlarının morfogenetik diaqnostikası, nomenklaturası və təsnifatı. Bakı, 2011, 452 s.
Natural factors that can create danger for that part of the Baku – Tbilisi –Ceyhan oil pipeline passing through the Azerbaijan Republic and intending measures for preservation Baku: Elm, 2012, 112 p.