Makedoniya Respublikasının nəqliyyatı dəmiryol, avtomobil, boru və hava nəqliyyatlarından ibarətdir. Ölkədənin dənizə çıxışı yoxdur. Burada su nəqliyyatı yalnız Yunanıstan və Albaniya ilə sərhəddə yerləşən Oxrid gölündə mövcuddur.
Ölkədə dəmir yollarının tikintisi və istismarı ilə «Makedonski Jeleznisi» şirkəti məşğul olur. Dəmir yolunun ümumi uzunluğu 925 km təşkil edir. Onun 699 km işlək 225 km isə ehtiyatdır[1]. Hazırda Kumanovo—Brlyakov dəmir yolunun tikintisi həyata keçirilirdi. Hansı ki, bu tikinti ilə dəmir yolu Bolqarıstanla birləşdirilir[2]. Şirkətin son işləri 2007-ci ildə başa çatdırılmışdır[3]. Dəmiryoları Albaniya, Yunanıstan, Bolqarıstan və Serbiya ilə birləşir[4][5].
Ölkədə 17 aeroport vardır. Onlardan ən iriləri Böyük Aleksandr və Müqəddəs Həvvari Pavel aeroportlarıdır. 11 hava limanı möhkəm eniş zolağına malikdir. Altısının eniş zolağı möhkəm deyildur. Böyük Akeksandr hava limanın eniş zolağı 3042, Müqəddəs Həvvari Pavel hava limanının uzunluğu isə 2550 metr təşkil edir.