Bədəxşan xanlığı (fars. هانیگاریا بدخشان) — XVII—XIX əsrlərdə Əfqan Türkistanında mövcud olmuş, sonradan Əfqanıstan Əmirliyinə birləşdirilən özbək dövlətidir. İlk hökmdar Yarbek xan, sonuncu özbəklərin Yaridlər sülaləsindən olan Cahandar şah idi.[1]
XV əsrdə Bədəxşan Teymurilər imperiyasının tərkibində idi. XVI əsrdə Şeybanilərin özbək sülaləsinin nümayəndələri bu əraziyə iddia etməyə başladılar. Şeybanilərin Teymurun nəsli ilə sonrakı mübarizəsi burada gah birinin gah digərinin uğuru ilə keçdi. Bədəxşan, nəhayət, II Abdulla xan (1583-1598) tərəfindən sonunculardan geri alındı [1].
1584-cü ildə II Abdulla xan Bədəxşanın yalnız qərb hissəsini ələ keçirə bildi. Geri alınan ərazi Əbdülmömin xanın mirasına daxil edildi. Lakin Bədəxşanın şərq hissəsi hələ də Süleyman-şah və onun övladlarına məxsus idi.
XVII əsrdə böyük Bədəxşan vilayəti Bəlx xanlığının tərkibinə daxil idi[2]. Məlumdur ki, 1633-cü ildə Baburi Şahcahan (1627-1658) Bədəxşan və Qarçistanı Bəlx xanlığından qoparmaq üçün onları işğal etmək niyyətində idi[2].
XVI-XVII əsrlərdə Bədəxşanın paytaxtı Kişm şəhəri olmuşdur. Məlumdur ki, tarixçi II Abdullah xan Talkanı Bədəxşanın ən yaxşı vilayəti adlandırmışdır[2].
1650-ci illərin sonundan 230 il ərzində Bədəxşanı özbək Yaridlər sülaləsinin nümayəndələri idarə edirdilər ki, onların da yaradıcısı Yarbek xan Səmərqəndi (1658-1706) idi. Akademik V.V.Bartoldun fikrincə, özbək sülalələrinin nümayəndələri “Əfqanlar Amudəryanın cənubundakı bütün özbək mülklərini fəth edənə qədər” ərazidə hökmranlıq edirdilər. Yarbek 1657-1658-ci illərdə Bədəxşanlılar tərəfindən Kataqan özbəklərinin hakimiyyətinə qarşı əmir təyin edilmişdir. Yarbek və onun övladları tərəfindən Bəlx və Buxara xanlıqlarının özbək hökmdarlarının ali hakimiyyətini formal olaraq tanınırdı[1].
XVIII əsrin birinci yarısında Yaridlərlə Kataqan özbəkləri arasında bir neçə döyüş baş vermişdi[2].
1873-cü ildə Bədəxşan əfqanlar tərəfindən işğal edildi.