Ernst Ruska 1906-cı ildə Almaniyanın Heydelberq şəhərində anadan olub. 1925-1927-ci illərdə Münhen Texniki Universitetində təhsil alıb və sonra Berlin Texniki Universitetinə daxil oldu. O, bu universitetdə dalğa uzunluğu işığın dalğa uzunluğundan 1000 dəfə kiçik olan elektronlardan istifadə edən mikroskopların böyütmənin dalğa uzunluqlarının ölçüsü ilə məhdudlaşan işıqdan istifadə edən mikroskopdan daha ətraflı obyekt təsvirini verməyə imkan yaradacağı fikrini irəli sürdü. 1931-ci ildə, o, maqnit qıvrımın elektron linza rolunu oynaya biləcəyini nümayiş etdirdi və 1933-cü ildə ilk elektron mikroskopu qurmaq üçün seriyalarda bir neçə qıvrımlardan istifadə etdi.
1933-cü ildə doktorluq dissertasiyasını tamamladıqdan sonra əvvəlcə Berlin-Zehlendorfdakı "Fernseh AG"də, daha sonra 1937-ci ildən "Siemens-Reiniger-Werke AG"də elektron optikası sahəsində çalışmağa davam etdi. 1939-cu ildə "Siemens"də kommersiyal məqsədlə istehsal olunan ilk elektron mikroskopun hazırlanmasında iştirak etdi. "Siemens"də fəaliyyət göstərərkən elektron mikroskopiya texnologiyasını inkişaf etdirməklə yanaşı, digər elmi müəssisələrdə də işlədi və "Siemens"i ziyarətə gələn tədqiqatçılar üçün laboratoriya yaratmağı təşviq etdi.
1955-ci ildə "Siemens"dən ayrıldıqdan sonra, 1974-cü ilə qədər Fritz Haber İnstitutunun Elektron Mikroskopiya İnstitutunda direktor vəzifəsində çalışdı. Eyni zamanda, 1957-ci ildən təqaüdə çıxana qədər bu institutda və Berlin Texniki Universitetində professor vəzifəsində çalışdı.