Şeyx Məhəmməd məscidi Sufi Dərviş Əlinin oğlu Pir Məhəmmədin əmri ilə 1531-ci ildə tikilib.[1] Məscid Basqalın Kələküçə məhəlləsində yerləşir.[2][3] Məscidin həyətində mədrəsə fəaliyyət göstərib.[4]
Azərbaycanda sovet işğalından sonra rəsmi olaraq 1928-ci ildən dinlə mübarizəyə başladılar.[5] Həmin ilin dekabrında Azərbaycan KP MK-i bir çox məscid, kilsə və sinaqoqları maarifləndirici istiqamətlərdə istifadə üçün klubların balansına verdi.[6] Əgər 1917-ci ildə Azərbaycanda 3.000 məscid var idisə 1927-ci ildə bu rəqəm 1.700, 1928-ci ildə 1369, 1933-cü ildə isə 17 idi.[6][7] Şeyx Məhəmməd məscidi bu dövrdə ibadətə bağlanıb. Məscidin həyətindəki iyirmiyə yaxın daş kitabə məhv edilib, qoşa minarələri isə sökülüb.[8] Məscidin binasından klub kimi istifadə olunub.[9][10] 1975-ci ildə elektrik şəbəkəsində baş verən qısaqapanma nəticəsində məscidin binası tamamilə yanıb.[8] 1980-ci illərdə yerli camaat tərəfindən məsciddə təmir işləri aparılıb.[11] Bu işləri görərkən yerli sakinlər burada məscidin yanında əkilmiş Pir Çinar haqqında kitabə tapıblar.[12] Kitabədə Pir Çinarın 1568-ci ildə Şeyx Səfayi tərəfindən əkildiyi qeyd olunub.[13] 1989-cu ildə məscidin də daxil olduğu ərazidə "Basqal" Dövlət Tarix-Mədəniyyət Qoruğu yaradılıb.[14][15]