Stalin və Bağırov repressiyalarının qurbanı olmuşdur. 1938-ci ilin iyul ayında "Ehtiyatda olan sağ-troskiçi mərkəzinin əksinqilabi milliyətçi təşkilatının" rəhbərindən biri olduğu ittihamı ilə həbs olunmuşdur.[1] İttiham əvvəldən axıra kimi Mir Cəfər Bağırovun başçılıq etdiyi Azərbaycanın o zamanki ali hakimiyyəti və onların əlaltıları tərəfindən saxtalaşdırılmışdır.[1] Bu iş üzrə keçən başqa məhbuslar kimi işgəncələrə məruz qalaraq ittihamı etiraf etməyə məcbur edilmişdir.[2] Ancaq başqa məhbuslarla birlikdə 1939-cu ildə öncəki ifadələrindən imtina etmişdi.[3] Bundan sonra işi üzrə bir neçə dəfə istintaq aparılmışdır. Nəhayət 1941-ci ildə məhkəmənin hökmü ilə əmlakının müsadirə edilməsi ilə 10 il müddətinə azadlıqdan məhrum edilmişdir.[4] 1955-ci ildə SSRİ Ali Məhkəməsinin Hərbi Kolleqiyasının qərarı ilə bəraət edilmişdi.[5] 1957-ci ildə Bakıda vəfat etmişdir. Keçdiyi istintaq işi və adı Bağırov və onunla əlbir olanların məhkəmə hökmünün mətnində xatırlanmışdır.[5]